Основну организациону структуру Академије чине следеће организационе јединице:
- Секретaријат
- Одсеци
- Центри
- Лабораторије
- Огледна поља
- Организационе јединице ван седишта Академије
Седиште Академије
Седиште Топличке академије струковних студија се налази на адреси Ћирила и Методија бр.1, 18400 Прокупље.
Секретaријат
Секретаријат Академије је ненаставна стручна организациона јединица у којој се обављају стручни, оперативни и административно-технички послови ради остваривања циљева из надлежности и овлашћења председника Академије, као и послови руковођења, инструисања и координације између организационих делова – Одсека Академије, правни, кадровски, материјално-финансијски послови, послови планирања и спровођења јавних набавки, аналитичко-плански, административни и други стручни послови који су од заједничког интереса за обављање делатности Академије. Радом Секретаријата руководи Секретар Академије.
Одсеци
У Академији се образују два одсека са одговарајућим студијским програмима:
Одсек за пољопривредно-прехрамбене студије Прокупље
Одсек за пословне студије Блаце
Одсек је наставна високошколска јединица Академије без својства правног лица, у којој се остварује образовна делатност Академије ради остваривања студијских програма (теоријска и практична настава, стручна пракса и практични рад студената, интернационалне студије и студије на даљину). Одсек сачињавају две организационе јединице и то: Наставна јединица и Ненаставна јединица. Радом Одсека руководи руководилац Одсека. Академија може да оснује једну или више високошколских јединица ван седишта, без својства правног лица, као облик унутрашње организационе јединице Одсека, у складу са законом и Статутом Академије.
Центри
Ради обављања апликативно-стручних послова из своје надлежности, који изискују већи степен самосталности, Академија у свом саставу у областима развоја и квалитета организује Центре у циљу развоја профитних делатности Академије и пружања услуга привреди и трећим лицима.
Лабораторије
Топличка академија струковних студија поседује лабораторије.
Огледна поља
Академија има и своја огледна поља у којој учествују наставници, радници који су на пословима задужени за то и студенти.
Организационе јединице ван седишта Академије
У саставу Академије су и организационе јединице ван седишта Академије ВШЈ Јагодина. ВШЈ Димитровград.