Основну организациону структуру Академије чине следеће организационе јединице:

• Секретaријат
• Одсеци
• Центри
• Лабораторије
• Огледна поља
• Организационе јединице ван седишта Академије

Седиште Академије

Седиште Топличке академије струковних студија се налази на адреси Ћирила и Методија бр.1, 18400 Прокупље.

Секретaријат

Секретаријат Академије је ненаставна стручна организациона јединица у којој се обављају стручни, оперативни и административно-технички послови ради остваривања циљева из надлежности и овлашћења председника Академије, као и послови руковођења, инструисања и координације између организационих делова – Одсека Академије, правни, кадровски, материјално-финансијски послови, послови планирања и спровођења јавних набавки, аналитичко-плански, административни и други стручни послови који су од заједничког интереса за обављање делатности Академије. Радом Секретаријата руководи Секретар Академије.

Одсеци

У Академији се образују три одсека са одговарајућим студијским програмима:

Одсек за пољопривредно-прехрамбене студије Прокупље

Одсек за пословне студије Блаце

Одсек за медицинске студије Прокупље

Одсек је наставна високошколска јединица Академије без својства правног лица, у којој се остварује образовна делатност Академије ради остваривања студијских програма (теоријска и практична настава, стручна пракса и практични рад студената, интернационалне студије и студије на даљину). Одсек сачињавају две организационе јединице и то: Наставна јединица и Ненаставна јединица. Радом Одсека руководи руководилац Одсека. Академија може да оснује једну или више високошколских јединица ван седишта, без својства правног лица, као облик унутрашње организационе јединице Одсека, у складу са законом и Статутом Академије.

Центри

Ради обављања апликативно-стручних послова из своје надлежности, који изискују већи степен самосталности, Академија у свом саставу у областима развоја и квалитета организује Центре у циљу развоја профитних делатности Академије и пружања услуга привреди и трећим лицима.

Лабораторије

Топличка академија струковних студија поседује лабораторије.

Огледна поља

Академија има и своја огледна поља у којој учествују наставници, радници који су на пословима задужени за то и студенти.

Организационе јединице ван седишта Академије

У саставу Академије су и организационе јединице ван седишта Академије ВШЈ Јагодина. ВШЈ Димитровград.